Бут родился 13 января 1967 в Душанбе (Таджикская ССР). Его отец был автомехаником, а мать — бухгалтером. В специальной школе Виктор изучал иностранные языки: английский, немецкий, эсперанто. По рассказам одноклассников, эти предметы давались Буту поразительно легко. Учился он хорошо, был секретарем комсомольской ячейки, играл в волейбол, любил музыку и зажигал диджеем на вечеринках.
Когда семья переехала в Москву, Виктор попытался поступить в МГИМО, но получил двойку за сочинение и в результате был призван в армию, где служил переводчиком как в Советском Союзе, так и за границей. После демобилизации в 1987 году он поступил на португальское отделение в Военный Краснознамённый институт МО СССР в Москве, где быстро стал старшиной курса. «Его направили на ускоренные годичные курсы. По окончании присвоили звание младшего лейтенанта и отправили в Анголу и Мозамбик. Через 2 года вернулся лейтенантом, но продолжать службу не стал и уволился из армии», — комментировали биографию Бута в Военном университете Минобороны в 2008 году, когда он уже был задержан в Таиланде по запросу властей США.