Перед окончанием прошлого срока по делу о «хулиганстве» за разбитое окно в офисе «Единой России» в Москве (приговорили к шести годам колонии по ч. 2 ст. 213 УК РФ. — Прим. ред.) периодически появлялись сообщения о том, что против Мифтахова готовится очередное дело. Но никакой конкретики тогда не было. Изначально Азата задерживали в феврале 2019 года по делу о найденной в Балашихе взрывчатке — никаких улик следствие тогда не нашло, но дело не закрыли; также всплывали предположения, что Мифтахова собираются привлечь по делу «Сети». И всё это сопровождалось давлением на самого математика: к нему приезжали оперативники, угрожали новым преследованием и требовали дать нужные им показания, а перед освобождением водворяли в ШИЗО. Но Азат отказался от сотрудничества с силовиками. А отказы, как известно, они не принимают и свои угрозы воплощают с особым цинизмом.
В сентябре 2023 года Мифтахова задержали на выходе из кировской колонии, когда его срок по делу о хулиганстве истек. На следующий день после задержания математика отправили в СИЗО, обвинив в оправдании терроризма (ч. 1 ст. 205.2 УК РФ). Дело вел следователь УФСБ по Кировской области Пономарёв А.А. По его версии, находясь в колонии, Мифтахов во время просмотра телевизора с другими заключенными одобрил поступок Михаила Жлобицкого, устроившего взрыв в архангельском управлении ФСБ в 2018 году.